La chemoinformatique utilise des methodes issues de la theorie des graphes et de l'apprentissage automatique afin de classifier ou predire des proprietes moleculaires. De ce point de vue, les noyaux sur graphes constituent une approche interessante combinant les methodes d'apprentissage et la representation naturelle des molecules sous forme de graphes. Cependant, bien que les graphes moleculaires encodent l'ensemble de l'information structurelle des molecules, ils n'encodent pas explicitement l'information cyclique. Dans cet article, nous proposons de representer une molecule par un hypergraphe encodant explicitement a la fois l'information cyclique et acyclique d'une molecule dans une meme representation. Nous proposons egalement une mesure de similarite sous forme de noyau afin d'utiliser cette representation moleculaire dans des problemes rencontres en chemoinformatique.